本书是biopython官方的tutorial的翻译！

第一章 介绍

1

1.1 什么是biopython？

1

1.1.1 在biopython工具包中能够发现什么？

1

1.2 安装biopython

2

1.3 FAQ

3

第二章 快速开始-可以用biopython来做什么？

4

2.1 General overview of what Biopython provides

4

2.2 处理序列

4

2.3 一个使用的例子

5

2.4 分析序列文件格式

5

2.4.1 简单的FASTA分析例子

6

2.4.2 简单的GenBank分析例子

6

2.4.3 我喜欢分析-请不要停止讨论它！

7

2.5 连接生物学数据库

7

2.6 下一步......?

7

第三章 序列对象

8

3.1 序列和字母表

8

3.2 序列像字符串一样起作用

9

3.3 序列分片

9

3.4 把Seq对象转化为字符串

10

3.5 核酸序列及（反转）互补

10

3.6 连接或增加序列

11

3.7 可变的Seq对象

12

3.8 转录和翻译

12

3.9 与字符串一起工作

13

第四章 序列输入/输出

14

4.1 分析或读取序列

14

4.1.1 读取序列文件

14

4.1.2 在序列文件中重复记录

15

4.1.3 在一个序列文件中得到记录列表

15

4.1.4 提取数据

16

4.2 从网上分析序列

17

4.2.1 从网上分析GenBank记录

17

4.2.2 从网上分析SwissProt序列

18

4.3 序列文件作为字典

18

4.3.1 指定字典的键

19

4.3.2 使用SEGUID来索引一个字典

20

4.3 写入序列文件

21

4.4.1 在序列文件格式间转化

22

4.4.2转化序列文件成它们的反向互补

22

第五章 序列比对输入/输出

23

5.1 分析或读取序列比对

23

5.1.1 单比对

23

5.1.2 多序列比对

24

5.1.3 模糊比对

25

5.2 Writing Alignments

26

5.2.1 在序列比对文件格式间转换

27

第六章 BLAST

28

6.1 本地运行BLAST

28

6.2 在网络上运行BLAST

29

6.3 保存BLAST输出结果

30

6.4 分析BLAST输出

31

6.5 BLAST记录类

32

6.6 Deprecated BLAST parsers

33

6.6.1 分析普通文本BLAST输出

33

6.6.2 分析一个包含全部BLAST运行的文件

34

6.6.3 在一个巨大文件中找到一个错误的记录

35

6.7 处理PSIBlast

35

第七章 访问NCBI的Entrez数据库

36

7.1 Entrez指南

37

7.2 EInfo: 获取Entrez数据库的信息

38

7.3 ESearch: 搜索Entrez数据库

39

7.4 EPost

40

7.5 ESummary: 从主要的ID来检索摘要

40

7.7 ELink

41

7.8 EGQuery: 获得检索条件的计数

41

7.9 ESpell: 获得拼写建议

41

7.10 例子

42

7.10.1 搜索和下载Entrez核酸记录

42

7.10.2 找出一个物种的世系

43

7.10.3 使用历史和WebEnv

44

第八章 Swiss-Prot, Prosite, Prodoc,和 ExPASy

45

8.1 Bio.SwissProt: 分析Swiss-Prot文件

45

8.1.1 分析Swiss-Prot记录

45

8.1.2 分析Swiss-Prot关键词和类别列表

46

8.2 Bio.Prosite: 分析Prosite记录

47

8.3 Bio.Prosite.Prodoc: 分析Prodoc记录

48

8.4 Bio.ExPASy: 访问ExPASy服务器

49

8.4.1 检索一个SwissProt记录

49

8.4.2 搜索Swiss-Prot

50

8.4.3 检索Prosite和Prodoc记录

51

第九章 Cookbook –使用它来做些酷事情

52

9.1 PubMed

52

9.1.1 向PubMed提交一个检索

52

9.1.2 检索PubMed记录

53

9.2 GenBank

54

9.2.1 从NCBI检索GenBank条目

54

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	blackjimmy	修改标题，旧标题[新建页面54]，新标题[9.2GenBank]	3个月以前 [09-15 15:46]
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	朋友，来看你了，欣赏到您的好书！学习！自古以文会友，不亦乐乎…	竹音	10-02 14:50

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