本书是一本介绍生物信息学编程方面的书籍，作者：Rudiger Marcus Flaig

翻译说明

1

第0章 前言

2

1，为什么计算机在生命科学中很重要

2

2，这个小册子是（不是）关于什么的

4

3，一些实践建议

5

4，从心开始

6

5，课程的结构

7

6，资源

8

7，作者

9

8，特殊人士...

10

第一章 编程语言的分类

11

1，汇编语言：机器的语言

12

2，解释器vs编译器

14

3，命令式语言（imperative）

15

4，过程式语言（procedural）

16

5，栈语言（stack)

17

6，函数语言：λ演算

18

7，数组语言（array）

22

8，面向对象语言

23

9，反思性语言（reflective）

27

10，声明的=逻辑语言：π演算

28

11，面向并发的语言(concurrency-oriented)

29

12，脚本语言（scripting）

30

13，过量欺骗？overdocse kids

31

14，强vs弱类型

32

15，智慧选择...

33

16，为什么是python

34

第二章 预备教育(propedeutics)

35

第三章 获取材料

37

1，TCL/TK辅助

38

2，python程序

39

3，编辑器

40

4，文档

41

5，零碎的东西（odds and ends)

42

6，在线资源

43

7，离线资源

44

8，启动和离开python解释器

45

9，立即获取帮助

46

10，CD

47

第四章 变量，数据结构和赋值(assignment)

48

1，简单或“标量”数据类型

49

2，间歇：赋值的一点注意

50

3，同质分组

51

4，异质分组

52

5，字符串

53

6，赋值和一元运算符（unary operator）

54

第五章 流程控制

55

1，注释

56

2，文档化字符串

57

3，块

58

4，if...then...else...结构

59

5，标识符

60

6，多分支：switch vs elif

61

7，对大量数据应用代码：for,map,filter等

62

8，局部变量

63

9，另一个尝试：while...循环

64

10，走捷径--未完待续

65

11，无限循环（infinite loop）

66

12，定时器驱动循环

67

13，go to语句

68

14，模式匹配（pattern matching）

69

15，选择一个函数变量

70

16，Thou Mayst Pass

71

第六章 函数和程序（procedures）

72

1，子程序-所有高级程序的基础

73

2，重要的是不要被两面镜子困住：递归编程

74

3，迭代编程

75

4，栈的乐趣

76

5，结尾的把戏

77

6，旅行商问题（traveling salesman）

78

第七章 面向对象的世界

79

1，目前发生了什么？

80

2，类和实例

81

3，构造器和破坏器

82

4，self vs non-self

83

5，原始类型vs对象

84

6，模块和静态

85

7，继承

86

8，抛下来（ram it down）

87

9，继承，抽象与私有

88

10，一个不同的观点

89

11，咖啡机：一个虚构的例子

90

12，自然发生（generatio spontanea）

91

13，序列作为对象

92

14，python中的None和object

93

15，然后......

94

第八章 练习：素数

95

第九章 大教堂和集市：竞争策略

96

1，自上向下（TOP-DOWN）策略

97

2，自下向上（BOTTOM-UP）策略

98

3，对一个大的项目进行分割

99

第十章 Ordo ab chao：分类与搜索

100

1，一组数据何时排序？

101

2，冒泡法（bubblesort）

102

3，快速分类（quicksort）

103

4，其他

104

第十一章 欢迎来到库

105

第十二章 一个非常短的项目：Trithemizing一个文件

106

1，项目总体上的重点

107

2，代码的简短历史

108

3，Johannes von Trittheim和他的信息隐藏法

109

4，交易的工具

110

5，你的工作

111

6，专业密码术

112

第十三章 处理错误

113

1，错误对什么有益？

114

2，当墙要倾倒：错误导致程序中止

115

3，返回值得到错误信号

116

4，异常得到错误信号

117

第十四章 一个真实的项目：产生一个限制图及进行简单预测

118

1，遇到小Willy

119

2，什么是限制性酶切图谱？

120

3，从一个文件中提取数据

121

4，找到回文序列（palindromes）

122

5，对位点进行命名

123

6，产生蛋白质的翻译

124

7，创建图谱

125

8，一个人工消化

126

9，星点活性预测问题

127

10，profile motive-motive profile

128

11，跨膜区一览

129

12，寻址一个项目？？

130

第十五章 python高级技巧

131

1，免处理及很好的打印(escape processing)

132

2，正则表达式

133

3，调控时间

134

4，文件处理

135

5，更多文件处理：不断的字典

136

6，字符串处理

137

7，引发异常

138

8，诅咒：高级文本输出函数

139

第十六章 第三个项目：python运行PCR

140

1，Monkey交易

141

2，聚合酶链式反应：Mullis的煮沸灾难

142

3，确定DNA的熔点

143

4，......我的PCR仍不工作！

144

5，有发卡结构吗？

145

6，寻址一个项目？？？

146

第十七章 放松-suck it！

147

第十八章 Cursus interrumptur

148

1，自测：Colorado大学的考试测验

149

2，我将会回来

150

3，关于这个文档

151

第十九章 黑色安息日：语言集合

152

1，ADA

153

2，ALGOL

154

3，ALLOY

155

4，BASIC

156

5，C

157

6，C++

158

7，C#

159

8，CLEAN

160

9，DELPHI

161

10，DYLAN

162

11，EIFFEL

163

12，ERLANG

164

13，FORTRAN

165

14，GODEL

166

15，HASKELL

167

16，HYPERTALK

168

17，JAVA

169

18，LISP/SCHEME

170

19，LOGO

171

20，LUA

172

21，MERCURY

173

22，MIRANDA

174

23，MODULA-2及MODULA-3

175

24，MORGUL

176

25，OBERON

177

26，OBJECTIVE C

178

27，o'CAML

179

28，OCCAM

180

29，ORCA

181

30，PASCAL

182

31，PERL

183

32，PHP

184

33，PROLOG

185

34，REXX

186

35，RUBY

187

36，SISAL

188

37，SMALLTALK

189

第20章 附录：过去和现在的有名计算机

190

1，处理器

191

2，计算机和操作系统

192

第21章 欢迎回来：第二部分的一些开胃菜

193

1，一个自上而下的练习：做办不到的事（squaring the circle）

194

2，一个自下而上的练习：勤劳的蚂蚁

195

第22章 biopython工具包介绍

196

1，什么是biopython？

197

2，获取部件

198

3，安装biopython

199

4，工具和玩具？

200

5，环视(scan the horizon)：如何有权使用全球超级计算机

201

6，核酸比对

202

7，让这足够......

203

7，让这足够......

204

第23章 混合函数及面向对象特性：Lisper，第一部分

205

1，LIST自身

206

2，策略

207

3，执行

208

第24章 树：一种重要的数据结构

209

1，HI-LO游戏

210

2，二进制树

211

3，树作为递归结构

212

4，平衡一个巨大的树的艺术

213

5，如果Anna说它很好那价钱就很合算

214

6，位点

215

第25章 第四个项目：python处理基因表达

216

1，什么是siRNA？

217

2，设计siRNA的诀窍

218

3，什么是Monte Carlo模拟？

219

4，用Monte Carlo模拟来预测抑制

220

第26章 修改一个面向对象设计：Lisper，第二部分

221

1，变量处理

222

2，执行

223

第27章 python结构分析(annatomy)

224

1，操作符重载及特殊方法

225

2，多重继承

226

3，明确类型检查

227

4，位运算符

228

5，迭代器

229

6，弱引用

230

7，配置一个程序

231

第28章 第五个项目：python在GenBank中的应用

232

1，物种

233

2，读取文件

234

3，GC含量

235

4，处理重量：蛋白质分子重量

236

5，基因及系列基因的编码用法

237

6，跨膜蛋白质

238

第29章 工作中的高级程序：Lisper，第三部分

239

1，函数调用

240

2，执行

241

3，初步的结论

242

第30章 面向对象及图形用户界面

243

1，程序/GUI关系历史回顾

244

2，未定义的图像对象？

245

3，TCL/TK系统：一个非系统依赖的GUI标准

246

4，样本

247

5，图形蚂蚁？

248

第31章 线程和并联计算系统

249

1，所有你需要的是速度

250

2，MORGUL

251

3，ERLANG

252

4，ADA

253

5，OCCAM及SISAL

254

6，JAVA及python

255

第32章 三维世界介绍

256

1，线性代数

257

2，在屏幕上投射

258

3，缩小放大

259

4，Fraudulent radiance

260

5，从后到前排序

261

6，从线框架到区域-块I

262

7，从无限的面到有限的表面区域-块II

263

8，阴影

264

9，未解决的问题

265

10，结束的评论？

266

第33章 3D图形练习

267

1，Ants-你以前从来没有见过它们

268

2，Royal Society for putting things on other things

269

3，Z栈

270

第34章 第六个项目：python显示分子

271

第35章 分子成长过程：bottom-up模拟介绍

272

1，什么是ktenate？

273

2，模拟分子成长过程

274

3，事情不该这样？

275

第36章 最后的项目：python和foobar vm

276

第37章 阻力是无效的：你将被连接

277

1，客户-服务器结构

278

2，HTTP协议

279

3，FTP协议

280

4，telnet协议

281

5，SHH协议

282

6，X11协议

283

7，其他

284

8，全面开始？

285

第38章 RNA二级结构

286

1，问题

287

2，策略

288

3，执行

289

第39章 对称寡核糖核酸

290

1，任务

291

2，程序

292

第40章 DNA比对

293

1，问题

294

2，策略

295

3，执行

296

第41章 系统发育树

297

1，问题

298

2，策略

299

3，执行

300

4，讨论

301

第42章 所有的好事情......

302

1，如何选择一个编程语言

303

2，再见

304

词汇表

305

索引

307

	用户	行为	时间
	blackjimmy	修改[1，简单或“标量”数据类型]，生成新版本[2]	3个月以前 [09-26 21:21]
	blackjimmy	修改[第四章变量，数据结构和赋值(assignment)]，生成新版本[4]	3个月以前 [09-26 20:53]
	blackjimmy	修改[第四章变量，数据结构和赋值(assignment)]，生成新版本[3]	3个月以前 [09-26 20:50]
	blackjimmy	修改[第四章变量，数据结构和赋值(assignment)]，生成新版本[2]	3个月以前 [09-26 20:39]
	blackjimmy	修改[15，智慧选择...]，生成新版本[7]	3个月以前 [09-26 20:36]
	blackjimmy	修改[15，智慧选择...]，生成新版本[6]	3个月以前 [09-26 20:30]
	blackjimmy	修改[15，智慧选择...]，生成新版本[5]	3个月以前 [09-26 20:29]
	blackjimmy	修改[15，智慧选择...]，生成新版本[4]	3个月以前 [09-26 20:29]
	blackjimmy	修改[15，智慧选择...]，生成新版本[3]	3个月以前 [09-26 20:19]
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	朋友，来看你了，欣赏到您的好书！学习！自古以文会友，不亦乐乎…	竹音	10-02 14:47
	季锋 发表于 2小时以前 [09-19 13:31]空的，貌似 我正在翻译呢…	blackjimmy	09-19 16:08
	空的，貌似	季锋	09-19 13:31

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